У моего сайта много доменов. Можно ли установить на все один счетчик, или для каждого нужны отдельные счетчики?

Все зависит от того, как вы хотите просматривать статистику в рамках аудита сайта компании.

Если вам нужна отдельная статистика по каждому домену/поддомену, то лучше создавать отдельный счетчик для каждого из них. При этом вы можете собирать общую статистику по ним при помощи отчета по группе счетчиков. Важно: в таких отчетах недоступны данные по целям, данные Вебвизора и Карт.

Если отдельная статистика не требуется, можно создать один счетчик на все домены/поддомены, но с учетом дополнительных настроек. В счетчике Яндекс.Метрики необходимо указать эти домены, а в счетчике Google Аналитики – настроить междоменное отслеживание. Отдельную статистику по каждому домену/поддомену в общем счетчике можно будет просматривать с помощью сегментации.